Smith'in insan bedenine girebilmesi ve Neo'nun gerçek dünyada makineleri kontrol edebilmesi sorularının cevabı ise insan beyninin de bir bilgisayar, bir makine olmasında. ilk bilgisayarlar insan beyni örnek alınarak tasarlanmışlardır. ilk robotlarda insan bedeni örnek alınarak. Yani insan beyni ve bedeni de bir nevi etten bir makine. Belli bir işleyişi ve düzeni var. insanoğlu kendi beyni ile Matrix'e bağlanabildiği gibi Matrix içindeki bir vürüste insan bedenine bir şekilde kendini kopyalayabiliyor. Matrix'te makineler nasıl insan beynini kontrol edebiliyor ve onlara gerçek olmayan simülasyonları gerçek gibi gösterebiliyorsalar, MAtrix'i ele geçirerek git gide güçlenen smith virüsüde kendini insan beynine kopyalayabilmeyi başarıyor.