Savaş ile ilgili ayetleri Kuran’ın bütünlüğü içinde değerlendirmek lazım. Ateistlerin iddialarının aksine Kuran’a göre savaş savunma amaçlı yapılmalıdır. Başka insanların topraklarını fethetmek için yapılan savaş Kuran’a göre dini bir savaş olamaz. Tarih boyunca fetih amaçlı islam devletleri bazı savaşlar yapmış olabilir. Fakat bunların hepsi dini savaşlar değil, siyasi savaşlardır. Allah bu tarz bir savaşı yasaklamaktadır.

Bakara suresinde şöyle buyrulmaktadır:
Sizinle savaşanlara karşı Allah yolunda savaşın, (ancak) aşırı gitmeyin. Elbette Allah, aşırı gidenleri sevmez. Onları, bulduğunuz yerde öldürün ve sizi çıkardıkları yerden siz de onları çıkarın. Fitne, öldürmekten beterdir. Onlar, size karşı savaşıncaya kadar siz, Mescid-i Haram yanında onlarla savaşmayın. Sizinle savaşırlarsa siz de onlarla savaşın. Kafirlerin cezası işte böyledir. Onlar, (savaşa) son verirlerse (siz de son verin); şüphesiz Allah, bağışlayandır esirgeyendir. (Yeryüzünde) Fitne kalmayıncaya ve din (yalnız) Allah’ın oluncaya kadar onlarla savaşın. Eğer vazgeçerlerse, artık zulüm yapanlardan başkasına karşı düşmanlık yoktur. (2 Bakara Suresi , 190-193)

Bu ayetlerden anlaşıldığı gibi savaş ancak savaşanlara karşı yapılır. Üstelik bu savaşta aşırılığa gidilmemesi için Allah, inananları uyarmaktadır. Savaş esnasında karşı taraf savaşa son verip aman dilerse, Müslümanlar buna uyar ve savaşa son verirler.