Nisa suresi 89. Ayetten başlıyorum. Bu sureyi okursanız bunların münafıklardan bahsettiğini görürsünüz yani Medine'de müslümanların arasına fitne sokan öldüren ama kendini müslüman olarak tanıtan bir nevi casuslar. Sonra da sonraki ayete bakalım:
NiSÂ-90: Ancak aranızda antlaşma bulunan bir kavme varıp sığınmış bulunanlara veya ne sizinle savaşmayı, ne de kendi kavimleriyle savaşmayı havsalalarına sığdıramayarak size gelmiş olanlara dokunmayın! Allah dileseydi onları size musallat ederdi de sizinle savaşırlardı. O halde onlar sizi bırakıp bir tarafa çekildikleri ve sizinle savaşmayıp barışa yanaştıkları takdirde de Allah onlara dokunmanıza izin vermemiştir.) Yani diyorki size zarar verenlere saldırının ama barış isteyip geri çekilenlere de birşey yapma hakkınız yok!

Şimdi yine sonraki ayete gidelim bunu da açıklamamı istemiştin:
Diğer bir takımını da hem sizden emin kalmak hem de kendi milletinden güven içinde olmayı ister halde bulacaksın. Fitneye sürüklendikçe de döner döner içine atılırlar. Eğer bunlar sizden çekinmez ve barışa yanaşıp saldırıdan geri durmazlarsa, kendilerini bulduğunuz yerde yakalayıp öldürün. işte bunların aleyhine size açık bir yetki verdik.
Yani yine aynı şart geçerli oluyor sana karşı barışta bulunmayanlarla savaş diyor geri çekilmeyenleri hala savaşanları öldür diyor.

Tevbe suresi 5. Ayet:
Bu ayet için de surenin başlarına bakmanız veya ayetin sonrasına bakmanız yeterlidir:

1. (Bu,) Allah ve Resûlü’nden antlaşma yaptığınız müşriklere ültimatomdur/son bir ihtardır.
2. (Ey müşrikler!) Yeryüzünde dört ay daha (rahatça) dolaşın. Ama bilin ki siz, Allah’ı aciz bırakamazsınız ve Allah mutlaka kâfirleri rezil (ve perişan) edecektir.
3. Ve (bu) hacc-ı ekber (büyük hac) gününde Allah’tan ve Resûlü’nden insanlara (şöyle) bir ilandır ki Allah ve Resûlü, artık (Allah’a rağmen başkasını yüceltip ona bağlanmakla) müşrik olanlardan uzaktır (onlarla arada bir bağ kalmamıştır). Eğer (küfürden ve hainlikten) tevbe ederseniz, o sizin için hayırlıdır. Eğer (yine) yüz çevirirseniz, şüphesiz bilin ki siz, Allah’ı aciz bırakacak değilsiniz. (O’nun size mühleti, tevbe ederseniz diye lütfundandır. Resûlüm!) inkâr edenlere çok acıklı bir azabı müjdele!
4. Ancak antlaşma yaptığınız müşriklerden, size karşı (bu sözleşmeden) hiçbir şeyi ekgib yapmayan ve aleyhinize hiç kimseye arka çıkmayanlar (bu hükümden) hariçtir, onlara müddetleri (bitinceye) kadar antlaşmalarını tamamlayın (iptal etmeyin). Çünkü Allah, (ahdi bozmaktan) sakınanları sever.
5. (Mühlet verilen) haram aylar[2] çıkınca, o müşrikleri (ancak antlaşmaya ihanet etmeleri, size ve dininize saldırıda bulunmalarından dolayı bir kısmını) bulduğunuz yerde öldürün; onları yakalayın (bir kısmını esir edin), (bir kısmını) hapsedin ve her gözetleme (ve geçit) yerinde otur(up onları bekley)in. Eğer (şirkten) tevbe ederler, namazı dosdoğru/gereğine uygun kılarlar ve zekâtı verirler (yani bunları kabul ederler)[3] ise onlara yol verin (serbest bırakın). Çünkü Allah çok bağışlayıcıdır, çok merhametlidir. [bk. 2/190-191; 4/90-91; 9/12; 47/4; 60/8; krş. 9/11]
6. Eğer (bu) müşriklerden biri senden eman isterse, onu himaye et. Tâ ki bu sayede Allah’ın kelâmını işitip dinlesin (ve düşünsün). Sonra (eğer müslüman olmazsa) onu emniyette olacağı yere ulaştır. Çünkü onlar (hakikati) bilmeyen bir topluluktur.

Buraya bakarsak müşriklere bir ultimatomun verildiğini anlarız. Kimler peki bu müşrikler? Peygamberimize suikast düzenleyen, işkence eden, şehrinden kovan, savaşan, sonra antlaşma yapıp ondan sonra katliam yapıp anlaşmayı bozanlardır. Peygamberimiz de Mekke'yi fethetmiş, hala savaşan müşrikler için bir ultimatom vermişlerdir. incelediniz mi ayetleri? 4. Ayette hiç savaşmamış , müşriklere savaşta veya kötü işlerde yardım etmemiş kişiler bu ultimatom verilenlerden sayılmıyor yani onlara zarar verilmiyor.
Sonra da 6. Ayete bakarsak önceden savaştığı halde eman istemiş (dokunulmazlık isteği) kişilere dokunulmamasını, müslüman olmazsa bile onu güvenli bir şekilde yerine ulaştırnasını söylüyor.
Sonuç : Kur'an'ı okurken tam okuyun bütün okuyun bilip bilmeden, araştırmadan konuşmayın.