ittihatçılarla ters düşmesinde fikirleri örtüşmedi. Mesela ittihat ve Terakki'nin ayağının ağır bastığı taraf askeri ayak. Atatürk de siyaset ve askerliğin birbirinden ayrılmasını istemiştir. Talat Paşa fraksiyonuna bağlıdır cemiyet içerisinde. Ayrı düşmesinin sebeplerinden bahsedelim az daha. Mesela 31 Mart isyanı patlak verdiğinde Hareket Ordusu Balkanlar'dan yola çıktı. 2 Nisan'da yola çıkan ordu 13 Nisan'da istanbul'a vardı. Komutanı Hüseyin Hüsnü Paşa'dır Kurmay Başkanı ise Mustafa Kemal Atatürk'tür. Ama 12 Nisan'da ordunun önünü Hadımköy'de Enver Paşa kesti Kurmay Başkanlığı kendisine aldı ittihat ve Terakki Cemiyeti de Hüseyin Hüsnü Paşa'nın yerine Mahmud Şevket Paşa'yı atadı. Mesela hürriyet kahramanları arasında Mustafa Kemal Bey de bulunabilirdi fakat Enver Paşa ona o imkanı tanımamıştır. Daha sonrasında Atatürk Selanik'e geçti. Ordan Trablusgarp'a gitti ve merkez-i umumi kongreye katıldı Trablusgarp Mümessiri olarak. Orada bu kırgınlıklarını da anlattı ayrıca. Ve Jön Türkler ve ittihatçılar arasındaki farkı söyleyeyim. Jön Türkler Genç Osmanlıların devamı olan 1889-1908 arası etkileşim gösteren bir grup insan. Abdülhamid karşıtı fakat bunların hepsine asla ittihatçı diyemez çünkü 1902 I. Jön Türk Kongresi'nde Prens Sabahattin darbeyi ingilizlerin eliyle yapmak gerektiğini söyledi ayrıca sadece ingiliz değil Arap şeyhlerinden de yardım almayı planladı. Kongrede buna karşı çıkıldı tabii ki ve ayrışmalar başladı. ittihat ve Terakki'yi temsil eden Milliyetçi Ahmed Rıza Bey buna karşı çıktı ve darbenin tamamen millet tarafından yapılması taraftarı oldu. Nitekim Ahmed Rıza Terakki ve ittihat Prens Sabahattin ise Teşebbüs-i Şahsi ve Adem-i Merkeziyet Cemiyeti'nin başını çektiler. Prens Sabahattin'in görüşlerini de daha sonrasında Hürriyet ve itilaf Fırkası gibi reziller devam ettirdi. Kısaca Jön Türkler'in arasında şerefsizler de vardı şerefliler de fakat Jön Türkler'in çoğunluğunu ittihatçılar temsil etmiştir.