Vatanı bırakmadı. Onun direktifleriyle Karakol Cemiyeti kuruldu. Mondros Mütarekesi imzalandığını Enver'in direktifleriyle kurulan bu cemiyet Anadolu Mücadelesi'ne silah ve adam kaçırmakla uğraşıyordu. ittihat ve Terakki hükümeti düştüğünde Enver, Cemal ve Talat eğer ülkede kalsaydı tutuklanacaktı diğer ittihatçılar gibi. Ayrıca Enver ilk olarak Almanya daha sonrasında Rusya'ya gitmiştir. Atatürk'e birçok mektup yazmıştır kendisinin Milli Mücadele'ye katılması için. Bir er olarak bile savaşmayı kabul etmiştir. Mustafa Kemal Paşa ise bunu reddetmiştir. Çünkü hala ordu içerisinde Enver yanlıları çoktu. Bunlar savaşı kazandıktan sonra ise Atatürk'ü devirebilme ihtimalleri vardı. Yahya Kahya isimli şahsiyet savaş sırasında Enver'i Anadolu'ya sokmaya çalışırken öldürülmüştür. Artık Milli Mücadele'ye katılamayan Enver Karakol Cemiyeti, Mim Mim Cemiyeti gibi cemiyetler ile Milli Mücadele'nin dış ayaktan destekçisi olmuştur. Ayrıca Orta Asya'da Türklere yapılan zulmü gördükten sonra ordaki Türkleri kurtarmak istemiştir. Çanakkale, Sarıkamış, Kut-ül Amare, 2. Balkan, Doğu Cephesin'de olan savaşların başkomutanı Enver'dir. 1913'de Balkan Harbi faciası yaşandıktan kısa bir süre sonra orduyu 6 ay içerisinde eski gücüne toparlayıp savaşa hazırlayan da Enver'dir. Enver Paşa hem Milli Mücadele'ye destek vermiştir hem de Orta Asya Türkleri'nin bağımsızlığı için şehit olmuştur.