Cengiz Han karşısında savaşabilecek kuvvete sahip olmadığını fark eden Harezmşah muhafazid, müdafaa tedbirleri alma yoluna gitti. Başta Buhara ve Semerkand olmak üzere sınır bölgesindeki şehirlerin güçlü bir biçimde tahkim edilmesini, yiyecek ve içecekle lebaleb doldurulmasını emreden Sultan, Otrar'a 50-60 bin, Buhara'ya 20-30 bin, Semerkand'a ise 50 bin asker yerleştirmiş, ardından kendisi de diğer oğlu Tuluy ile birlikte Buhara üzerine yürüdü. Çağatay ile Ögedey beş ay devam edecek olan kuşatmanın ardından Cüzcani'ye bakılırsa "kimseyi sağ bırakmadıkları" Otrar'ı zapt edip inalcık'ı esir alarak o sırada babalarının bulunduğu Semerkand'a gönderecek be o da bir anlamda Batı seferine yol açan olayları başlatmış olan valiyi gözlerine ve kulaklarına erimiş kurşun döktürmek suretiyle öldürecekti.