Khaled Al-Asad'ın darbesinden kısa bir süre sonra, Birleşik Devletler Deniz Piyade Kolordusu (USMC)'nun yerel bir limanı kontrol altına almasıyla Orta Doğu ülkesinin işgali başlar. Oyuncuların, USMC 1. Keşif Gücü'ne bağlı Çavuş Paul Jackson'ı kontrol ettiği bölümde; Teğmen Vasquez komutasındaki askeri birlik, ablukaya alınmış şehirde Al-Asad'ı bulmaya çalışır. Propaganda yayını yapmakta olan televizyon kanalının stüdyosuna baskın düzenlense de devrim lideri bulunamaz. Bunun üzerine birlik, etkisiz durumdaki bir M1 Abrams savaş tankını korumak ve ana yola çıkışında ona eşlik etmek ile görevlendirilir.

Görevin sonlarına doğru Birleşik Devletler Komuta Merkezi'nin talimatı uyarınca, şehrin yakınlarında Rus yapımı nükleer bir cihaz olduğu tespit edilir. Bunun üzerine Vasquez ve birliği, nükleer silahı etkisiz hale getirmek ve operasyonun son aşamasını da geçmek üzere helikopterler ile olay merkezine sevk edilir.

Merkezî emir, kuvvetlerin ihtiyatlı bir şekilde bölgeyi terk etmesini gerektirmesine rağmen Vasquez'e bağlı birlik, düşman ateşi altındaki bir time yardım edip ayrılmak üzereyken, bu sefer de uçaksavarla düşürülen bir AH-1 Kobra'nın pilotunu kurtarmak için vakit kaybederler. Ekip, bu kurtarma operasyonunu da başarıyla tamamlayıp bölgeden uzaklaşmak-tayken nükleer cihaz infilak eder(Nükleer Bombayı patlatan Makarow'dur MW3 bunu gösteriyor). Patlama ile birlikte şehrin ise büyük bir kısmı yok olur, yaklaşık 30.000 Amerikan askeri ile bölgede yaşayan sivil halk ölür. Vasquez ve ekibinin bulunduğu helikopter de bombanın etkisiyle yere çakılır ve kazadan kurtulan olmaz.

Olayın ardından, Al-Asad'ın Amerikan işgalinden kısa bir süre önce ülkeyi terk ettiği ve Azerbaycan'da saklandığı tespit edilir. Yüzbaşı Price'ın liderliğndeki SAS birliği, daha önce Rusların elinden kurtarılan muhbir Nikolai'nin de yardımı ile Al-Asad'ın bulunduğu eve baskın yaparak Al-Asad'ı ele geçirir.