Alparslan Türkeş'in islamcı politikalarını artırması sonucunda Nihal Atsız"senin peygamberin bu kapıdan içeri giremez" diyerek parti politikasına dinin katılmaması gerektiğini savunmuş sonrasında da yerini bulmuş ve partiden uzaklaştırılmıştır.
Asıl anlaşmazlık 3 mayıs 1944'teki Türkçülük-Turancılık olaylarına dayanır. ülkenin önde gelen Türkçüleri tutuklanıp tabutluklara ve zindanlara konulur. Alparslan Türkeş o zamanlar orduda subaydır. Alparslan Türkeş'in Nihal Atsız'a yazdığı mektuplar Nihal Atsız'ın evinde bulunur. Gerek Hüseyin Nihal Atsız, gerekse Necdet Sançar gibi Türkçülük-Turancılık davasının mağdurları mahkemeye "bu davadan dönmeyiz" diyerek kararlılıklarını ortaya koymuştur. Alparslan Türkeş ise yazdığı mektuplardan dolayı pişman olduğunu, bir daha Türkçü-Turancı akımda yer almayacağını mahkemeye beyan etmiştir.
ikinci sebep ise Mhp'nin kuruluşunda patlak vermiştir. 1969 yılında Cmkp değişerek Mhp'ye çevrilmiştir. O yıl Mhp'nin ilk genel kongresinin yapıldığı Adana'da, partinin başkanlığına iki aday vardır; Nihal Atsız ve Alparslan Türkeş. Atsızcılar kongre salonuna sarkık bıyıkları, başlarında börkleriyle gelerek kımız içerler, Türkçü-Turancı sloganlar atarlar, Türkçü pankartlar açarlar.
Buna nazaran Türkeş'in yandaşları Türk-islam sentezini benimsemiş kişilerdir. Onların sloganları da bellidir; Tanrı Dağı kadar Türk, Hira Dağı kadar Müslüman.
Gel gelelim kongre biter, Alparslan Türkeş genel başkanlığa seçilir. Seçilmesiyle beraber partinin amblemi Tanrı Dağı'nda uluyan kurt sembolünden üç hilale çevrilir. Partinin programı Türk-islam sentezi olarak benimsenir. Nihal Atsız bunun üzerine Alparslan Türkeş'e "Yallah! Sen git Arap develerine bin." der. Kongre çıkışında da yaptığı açıklamada "Mhp'de Allah Tanrıyı kovdu." diye beyanat verir.
Cumhuriyetin kurulması ve çok partili yaşama geçiş süreciyle birlikte, kendisini ifade olanağı bulan Ülkücü Hareket, önemli iki fikir addıbının 60'lardan itibaren birbirlerinden ayrılan noktalarını gözlemlemiştir.
Atsız'ın Orkun dergisindeki Türk milletine çağrı başlıklı yazısında, 9 maddede ele aldığı düşünce yapısı, 3 yıl sonra 65 de kurulan Ckmp manifestosundaki 9 Işıkla büyük ölçüde benzerdir. Ne var ki, Atsızın olmazsa olmaz dediği Türkçülük, Türkeş'le birlikte milliyetçiliğe evrim göstermiştir. Atsız'ın, arınmış Türkçecilik ve Türkçede sadelik konusuna atıf yapan diğer maddeleri, Türkeş'in programında kendisine yer bulmamıştır. Türkeş daha çok köylü kavrdıbına eğilmiştir. Zaten partisinin adındaki "k" harfi de, köylü sözcüğünün kısaltılmışıdır.
Aslına bakarsanız, 2 düşünürün de yokladığı 9 madde, Türklükte öteden beri kendisine yer edinmiş 9 rakdıbını yakalamak için biraz şişirilmiştir. Öte yandan, olağanca farklılıklarına karşın, iki adamın ele aldıkları şeyler, doğrudan doğruya aynı paraleldedir ve ikisi de aynı ülkünün evlatlarıdırlar. Ne var ki Türkeş bu işe islamcılık çizgisini de ekledi ve film koptu. Atsızın hedeflediği katışıkşız laisizme yakın demokratik kitleler, ümmet paradigmasına doğru eksen kayması yaşadı. Bu seküler Türkçü doku, islamcı çıtanın boyunduruğuna tabii oldu.
Ülkücü Hareket ve Alparslan Türkeş, hareketin ortaya çıkışından bir süre sonra "Türk islam" çizgisini benimsedi. Atsız ise, herkesin bildiği gibi "illa bir dine inanacak isem, atalarımın Gök Tengri'si bana yeter." diyen biriydi. 
Ülkücüler de; artık atalarının Gök Tengri'sine inanan çizgiden, Müslüman Türk çizgisine kaydı. Bu durum da, Atsız ile Alparslan Türkeş'i mecburen birbirinden ayırdı...