Atsız dahil sanıklar, daha sonra tabutluk diye adlandırılan hücrelerde işkence gördüklerini belirtmişlerdir. 7 Eylül 1944 günü yargılama başlamış, 'Irkçılık-Turancılık davası' adı verilen ve haftada 3 gün olmak üzere 65 oturum devam eden mahkeme, 29 Mart 1945 tarihinde sonuçlanmış ve Atsız 6 yıl 5 ay hapse mahkûm olmuştur.

Atsız, bu kararı temyiz etmiş ve Askerî Yargıtay, 1 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nin kararı esastan bozmuştur. Böylece Atsız, bir buçuk yıl kadar tutuklu kaldıktan sonra, 23 Ekim 1945 tarihinde tahliye edilmiştir.

5 Ağustos 1946 tarihinde 2 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde tutuksuz olarak başlayan Atsız ve arkadaşlarının davası (bu dava Kenan Öner-Hasan Âli Yücel davası adı ile tanınmıştır)[kaynak belirtilmeli], 31 Mart 1947 tarihinde sonuçlanmış ve 29 oturum devam eden mahkemede bütün sanıkların beraatına karar verilmiştir.[9][10] Bu dava ile ilgili Hayri Yıldırım tarafından 3 Mayıs 1944 Irkçılık Turancılık Davası adında bir kitap yazılmıştır.