Atsız, Nisan 1944'te yayımlanan 16. sayıda, Şükrü Saracoğlu'na hitaben ikinci açık mektubunu yayımlayarak Ahmed Cevat Emre, Pertev Nâilî Boratav, Sabahattin Ali ve Sadrettin Celâl Antel'in Marksist faaliyetlerde bulunduklarını ve Milli Eğitim Bakanı'nın "komünistleri kolladığını" ileri sürerek devrin Millî Eğitim Bakanı Hasan Âli Yücel'i istifaya çağırdı Bu ikinci açık mektup, Türkçü çevreler içinde büyük bir galeyana sebep olarak başta istanbul ve Ankara olmak üzere birçok şehirde, antikomünist gösterilere yol açtı. Bunun üzerine Hasan Âli Yücel, 7 Nisan 1944'te Atsız'ın Boğaziçi Lisesi'ndeki edebiyat öğretmenliğine son verdi.

Orhun dergisi de Bakanlar Kurulu kararı ile yeniden kapatıldı. Sabahattin Ali'nin arkadaşı ve Atsız'ın da yakın arkadaşı olan Ankara Mugibi Muallim Mektebi Müdürü Orhan Şaik Gökyay'ın arabuluculuğuna rağmen dava açmak zorunda kaldı. Aleyhine dava açılan Atsız, trenle Ankara'ya gitmiş ve Türkçü gençler tarafından istasyonda karşılanarak bir otelde misafir edildi.

Hakaret davasının 26 Nisan 1944 günü yapılan ilk oturumu olaylı geçti. Bunun üzerine 3 Mayıs 1944 tarihinde yapılan ikinci oturuma üniversite öğrencileri alınmamış, bu yüzden de öğrenci gösterileri olmuş ve yüzlerce kişi tutuklanmıştır. Davanın 9 Mayıs 1944 günü yapılan karar oturumunda, Sabahattin Ali'ye "vatan haini" dediği için 6 aya mahkûm edilen Atsız'ın cezası hâkim tarafından "milli tahrik" gerekçesi ile 4 aya indirilmiş ve 4 aylık bu ceza da ertelenmiştir. Atsız, cezasının ertelenmesine rağmen 9 Mayıs 1944 tarihinde mahkemenin kapısından çıkarken tevkif edilmiştir.

19 Mayıs 1944 törenlerinde Cumhurbaşkanı ismet inönü, Atsız ve arkadaşlarını ağır şekilde eleştiren nutkunu söylemiş ve bu nutuk üzerine de Atsız ve 34 arkadaşı istanbul 1 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde yargılanmaya başlanmışlardır. Aralarında Alparslan Türkeş gibi subay, üniversite profesörü, öğretmen, doktor ve üniversite öğrencilerinin de bulunduğu sanıklar, sorguya çekilmişler;