Kongre böylece Mustafa Kemal'in her mesaisine zıt bir hava ile devam etti. Bu münakaşalardan sonra Kongre, Erzurum Kongresinin kararları çerçevesinden çıkmayan kararlar aldı. Yalnız Kongre Azaları Mustafa Kemal'e küskün olarak dağıldılar. Bu sırada Müttefiklere teslim olmayan ve görevlerini onlara teslim etmeyen eski hali üzere devam eden yegane Ordunun Komutanı olan Kazım Karabekir Paşa ona, söyle dedi: "Paşam haberleşmelerde kendi adınızla hitap etmeniz tenkide yol açtı. Bu tehlikeli yolda yürümenin ne neticeler doğuracağını tasavvur edebilirsiniz. Bundan sonra komite ndıbına konuşmanızı rica ediyorum."