Buradaki tutsaklardan yararlanan Combine, bilge insan ırkının zeka olarak en ileri olanlarından faydalanmaya başlar. Bu arada Combine 'a karşı bir direniş gücü oluşturulmuş ve gizliden Combine güçlerine karşı savaşmaktadır. Combine ise, Overwatch dışında insanları daha rahat kontrol altında tutabileceği bir güç oluşturur; Civil Protection. CP görevlileri hem melez ve köle insanlardan ( Overwatch 'u oluşturan insanlar ), hem de normal insanlardan oluşan bir birliktir ve direnişe karşı toplu bir mücadele başlatır. Suçsuz insanlar bile göz altına alınıp ortadan kaybolurlar. Halkın üzerindeki bu baskı ile direnişin organize olamaması istenmektedir...