Direnişin bastırılamadığı şehirler yok edilir, kontrol altına giren şehirlere Citadel adı verilen kontrol yapıları inşaa edilir. Ayrıca bu yapılar Combine 'ın araç ve muhimmat üretimi ile araştırma ihtiyaçlarına ev sahipliği yapacaktır. Bu sırada Combine alışıldık istila planını devreye sokar ve kendi güçlerine karşı savaşan dünya askerlerini esir alarak çeşitli biyomühendislik araştırmaları sonucu Overwatch adlı üstün-savaşçı ırkını oluşturur. Aynı Xen 'deki Vortigaunt 'lar gibi, Overwatch ordusu da Combine 'ın görevlerini tamamlamak için yetiştirilip köleleştirilmiş bir güçtür.