2004 yılında Combine Dünya 'yı istila eder. Dropship, Gunship, Strider gibi yüksek teknoloji ve yıkım gücü bulunduran canlı-makineler, Combine teknolojisi, Dünya 'daki direnişi kırar ve Breen, vaad edildiği gibi Dünya insanlarının lideri olarak atanır. Breen, halkı, Combine 'ın insanlığa iyilik için geldiği idealine inandırmaya çalışsa da, Combine yeryüzünde soykırım ve kitlesel alıkoyma eylemlerine girişmiştir, insanlar şehirlerden ayrılıp Combine 'a yakalanmamak için şehir dışında yaşamaya çalışır. Bu arada Xen 'liler hem Combine hem insanlar için bir tehdit durumundadır, zira bu uzaylılar kendileri dışındaki bütün yaşam formlarına saldırmaktadır