Maalesef Gordon, Breen 'in tamamlanmasını istediği planı takip eder, ve uzaya bir Lambda Uydusu yolllar. Bu uydu sayesinde Dünya üzerinde, herhangi bir yerde portal açılabilecek, istila Black Mesa dışında da devam edebilecektir... Daha sonra Gordon 'da Xen 'e yollanır. Amaç istilaya derin bir darbe vurabilmektir. Netekim Gordon, Nihilant 'ı yenmeyi başarır. Sınır Dünyası Xen, artık kontrol altındadır, köleleştirilmiş melez Xen ırkı özgürdür. G-Man Gordon 'ın bu başarısından etkilenir, Black Mesa nükleer bir saldırı ile yok edilir. G-Man, Gordon 'a iş teklifinde bulunur ve Gordon bunu kabul eder2002 yılına girildiğinde, Gordon G-Man 'in kendisini yerleştirdiği özel bir makinede kalmakta ve yaşlanmamaktadır. Bu arada Xen 'den kaçan uzaylılar Dünyaya iner ve yeryüzünde büyük bir kaos yaşanmasını sağlarlar. insanlar hayatta kalmak için birleşmeye, bireysel değil toplumsal olarak kendilerini savunmaya başlarlar, neticede bütün nüfus, dışarıdan gelebilecek saldırılara kapalı ve korunmuş şehirlere dolar. Dünyanın her tarafında açılan portallardan akan Xen yaratıkları, büyük bir kaos ortamı oluşturmuştur Dünya da...