Füzyon çekirdeği çok fazla dayanamayıp patladı ve Gordon ile Alyx trenle kaçarken patlamanın şok dalgası trene ulaştı. Gordon ve Alyx yaralanmadan trenden çıkabildiler. Şehrin patlamasıyla Kleiner\'ın laboratuarı ve Black Mesa East\'te yok oldu. Gordon ve Alyx herkesin toplandığı White Forest\'a doğru yol aldılar. Yolda Alyx Vance bir Hunter (Avcı) tarafından yaralandı. Vortigauntlar Alyx Vance\'i tekrar hayata döndürmek için her şeyi denediler. Vortigauntların meşgul olduğunu gören G-Man, Gordon Freeman ile iletişime geçti ve Alyx\'in hayatı karşılığında ondan bir şey istedi. Alyx Vance\'i sağsalim White Forest\'a zütürmemizi istedi.

Combine askerleri portalın açılması ile Citadel\'dan çalınan çok önemli bilginin ve White Forest\'ın portalı kapatmak için bir roket yaptığı haberini aldı. Combine askerleri White Forest\'ı yok etmek için saldıraya hazırlanıyordu. Bu sırada Gordon ve Alyx Combine askerlerini gördü ve onlardan daha hızlı White Forest\'a ulaştılar. White Forest\'ta ele geçirdikleri önemli bilgiye baktıklarında çok şaşırdılar.

Aperture Science\'ın Borealis gemisinin gerçek olduğunu ve koordinatlarının olduğu bir bilgiye rastladılar. Aperture Science portal teknolojisi ve yapay zeka konusunda inanılmaz bir ilerleme kaydetmişti.

Doktor Kleiner ve Eli Vance Borealis konusunda tartışmaya başladılar. Kleiner bu teknolojinin kullanılarak Combine ırkını yenebileceğimizi düşünüyordu fakat Eli Vance bu teknolojinin Black Mesa\'daki gibi bir patlamanın tekrar yaşanabileceğini tahmin ediyordu.

Bilgilerin incelenmesinden sonra roketi korumak uğruna herkes Combine askerlerine karşı birlik olup roketi korumayı başardılar. Roket ateşlenip Citadel\'daki patlama sonucu oluşan portalı kapattılar.

Alyx Borealis\'i bulmak üzere bir helikopter ayarladı. Gordon Freeman ile birlikte Borealis\'i bulmak için yola koyulacaklardı. Helikopterin yanına geldiklerinde hangara Combine askeri (zihin gücüyle nesneleri bükebilen yaratık) saldırıp Eli Vance\'i öldürdü. Alyx babasının ölümüne çok üzülür ve ağlamaya başlar. Half-Life 2 Episode 2\'nin sonu...

G-Man Hakkında Teorim
G-Man\'in insan olmadığını hepimiz biliyoruz. Nihilanth\'ın şu sözünden anlaşılabilir.

You are man... he is not man... for you he waits... for you... : \"Sen bir insansın, o bir insan değil, o seni bekliyor.\" Bu sözü Gordon\'u gittiği her yerde takip eden mavi takım elbiseli G-Man hakkında söylediği düşünülmektedir. Onun insan olmadığını ve bizi beklediğini söylemiştir. Böylece G-Man\'in insan olmadığı, insan görünümünde başka bir varlık olduğu ihtimali doğmuştur. Gordon\'un Nihilanth\'ı öldürdükten sonra, G-Man\'in Gordon ile iletişime geçmesi Nihilanth\'ın sözlerini doğrulamıştır.