Bazı teoriler de, güneydeki kuleye çarpan 175 no’lu uçağın çarpmasıyla birlikte ortaya çıkan parlamayı bir füzenin patlaması olarak yorumlamaktadır. Hatta görüntülerde bu uçağın altında bir çıkıntının göründüğü ve bunun da muhtemelen füze olduğunu iddia edenler mevcuttur.

Komplo iddialarına yol açan sepeblerden bir diğeri de Başkan George Bush’un olaya verdiği tepkiyle ilgilidir. ilk olarak ne Başkan Bush ne de yakın koruma ekibi Başkan’ın hayatı tehlikede gibi davranmamış, onu korumak için bulunduğu mevkiden güvenli bir yere zütürmeye çalışmamıştır. Ayrıca, o sırada bir okulda bulunan Bush olay kendisine haber verilince, hiç istifini bozmadan ziyaretini sürdürmüştür. Bu davranışı, onun olaylar hakkında önceden bilgisi olduğu tezlerine neden olmaktadır.
ikiz kulelere çarpan uçakların karakutularının bulunamadığına ilişkin resmi açıklamalara rağmen, yıkıntılarda görev yapan iki kişi FBI görevlilerine karakutuların bulunmasında yardım ettiklerini, iki uçağa ait dört karakutudan ikisini bulduklarını iddia etmişlerdir. Bunlardan birinin adı Gail Swenson’dur.