Kontrollü yıkım teorisine en büyük destek, önemli Amerikalı fizikçilerden Steven E. Jones’dan gelmiştir. Jones, kontrollü yıkım olmaksızın yerçekimi etkisiyle çökmenin fizik kanunlarına aykırı olacağını söylemiştir. Bazıları böyle bir hazırlığın fark edilmeden yapılmasının zor olduğunu söylerken, olaylardan önceki haftalarda olağandışı elektrik kesintileri ve tadilatlar yapıldığına ilişkin iddialar da mevcuttur. WTC7 adı verilen ve hiçbir uçak çarpmamasına rağmen yıkılan 7 numaralı bina bu tür iddiaları güçlendirmektedir. NIST’ın bu konudaki araştırması devam etmektedir, 2007 yılında bir taslak rapor yayınlaması beklenmektedir.

11 Eylül saldırıları konusunda üretilen komplo teorilerinden bir diğeri de, Pentagon’un bir Boeing 757 tarafından değil daha küçük bir uçak ya da bir roket tarafından vurulduğu yönündedir. Bu teorilerin temelinde olay fotoğraflarında herhangi bir uçak kalıntısını andırır bir parça görünmemesidir. Ayrıca bölgenin hemen önündeki çimlerde ve binanın geri kalanında hasar olmaması da şüpheleri artırmaktadır. 2006 yılında Pentagon tarafından bir uçağın sadece burnunun göründüğü kamera görüntüleri yayınlanmış olsa da, buna inanmayıp aksi görüşleri savunmaya devam edenler bulunmaktadır.