Cumhuriyetçi senatör Curt Weldon saldırılardan bir yıl kadar önce saldırılan baş sorumlusu ilan edilen muhafazid Atta ve üç kişinin muhtemel El Kaide hücresi olarak tespit edildiğini, ama Özel Harekat Komutanlığının (SOCOM) bu bilgiyi FBI’a vermediğini iddia etmiştir. Bu bilgi daha sonra Pentagon tarafından yalanlanmıştır.

12 Eylül 2001’de The San Franciso Chronicle gazetesi, San Francisco belediye başkanı Willi Brown’un saldırılar konusunda erken uyarı almış olabileceğini, çünkü olaylardan sekiz saat önce havaalanı güvenliğinden Amerikalıların havayoluyla yolculuk konusunda dikkatli olmalarını tavsiye eden bir telefon aldığını açıkladığını yazmıştır.