11 Eylül saldırılarıyla ilgili resmi tez yukarıdaki gibi. Fakat saldırılar öncesine ve saldırılara ilişkin pek çok komplo teorisi de mevcut. ilk başlarda çok az itibar gören bu teoriler artık çok daha fazla dile getiriliyor. Bu arada Amerikan halkının olaylara ilişkin şüpheleri de artıyor. Örneğin Mayıs 2006’da Zogby International tarafından yapılan bir ankette Amerikalıların % 42’sinin ABD Hükümetinin ve 11 Eylül Komisyonunun bazı kritik delilleri kararttığına veya bazı ipuçlarını takip etmeyi reddettiğine inandığını ortayakoydu. New York Times ve CBS tarafından Ekim 2006’da gerçekleştirilen bir başka ankette de Amerikalıların % 28’inin Bush yönetimindeki yetkililerin 11 Eylül öncesinde olası saldırılara ilişkin bilgileri konusunda yalan söylediğine inandıkları ortaya çıktı.